水資源の豊富な島国の日本には、河川の他、湖も多く、中には巨大な湖も。
そんな湖の中で広さを誇る日本三大湖が、琵琶湖（滋賀県）、霞ヶ浦（千葉県・茨城県）、サロマ湖（北海道）です。

琵琶湖（びわこ）は、滋賀県にある日本最大の面積と貯水量を持つ湖。一級水系「淀川水系」に属する一級河川で、河川法上の名称は「一級河川琵琶湖」。国土交通大臣から委託を受けて滋賀県知事が管理を担う。湖沼水質保全特別措置法指定湖沼で、ラムサール条約登録湿地でもある。
古くは淡海・淡海の海・水海・近江の海・細波・鳰の海などとも呼ばれ、「びわ湖」「びわこ」と表記されることもあるほか、「Mother Lake」の愛称や「近畿の水瓶」の別称で呼ばれることもある。
約440万年前に形成された古代湖であり、40-100万年ほど前に現在の位置に移動してきた。内湖を含む多様な地形や多数の固有種を含む豊かな生態系をもっているが、近現代の開発により失われたり減少したりした地形や種もある。古くから近畿地方の水運・水利・漁撈における役割を担い、近江八景などをとおして景勝地としても知られ、作品の題材となることも多いほか、環境保全活動も盛んにおこなわれている。

琵琶湖の面積は669.26平方キロメートルで、滋賀県の面積の6分の1を占め、日本最大である。貯水量は275億トンで、こちらも日本一である。湖底が最も深い水域は竹生島と安曇川河口の間にあり、2005年には104.1メートルの最大水深が計測された。

最狭部に架かる琵琶湖大橋を挟んだ北側の主湖盆を北湖（太湖）、南側の副湖盆を南湖と呼ぶ。面積58平方キロメートル・平均水深4メートルの南湖に対し、北湖は面積623平方キロメートル・平均水深41メートルであり、湖水の99パーセントは北湖に蓄えられている。一方、湖底地形から見ると、北湖盆、中湖盆、南湖盆に分けられ、北湖盆と中湖盆の境界は沖島北方付近で、鞍状の湖底地形が存在している。

琵琶湖湖岸の構造は多様であり、そのため後述するように生物も多様である。傾斜は西岸は急で東岸は緩やかな傾向にあり、下記の山地系湖岸を除く77パーセントは、流入河川の造営力を受けた平野系湖岸である。また、底質と植生から次の3つに分類することができる。

岩礫型湖岸
北湖北岸と長命寺付近の山地系湖岸。岩や岩礁が主体。

砂質型湖岸
北湖の多くを占める。小礫や砂が主体。

砂泥型湖岸
最も植生が豊かであり、泥の堆積の発達に伴い、植物群落が発達する。

湖岸域には陸上生物圏と水中生物圏をなだらかに繋ぐ推移帯が広がり、生物多様性への寄与や水質浄化機能といった様々な役割を果たしてきた。しかし第二次世界大戦後、大規模な護岸工事などにより人工湖岸が増え、推移帯としての面積は大幅に減少した。

琵琶湖には117本の一級河川を含む400以上の流入河川があり、周囲の山地からの流れを源流とする。主な流入河川としては、湖南・湖東では野洲川・日野川・愛知川などが、湖北では姉川・高時川・余呉川などが挙げられる。湖西には大きな河川は安曇川しかなく、ほかは比良山地からの小河川である。この内、野洲川と安曇川以外は50キロメートル未満で、急勾配・出水のしやすさ・渇水の多さを特徴とする。中世後期以降、一部の河川は天井川化しており、それにともない湖岸の土砂堆積状況が変化し、河口域では三角州が発達したり逆に陸地が後退するなどしている。

流出河川は瀬田川のみであり、宇治川、淀川と名前を変えて、大阪湾（瀬戸内海）へ至る。瀬田川には、琵琶湖の水位調整と下流域の治水・利水のために瀬田川洗堰が設けられている。琵琶湖からの流出経路は、これに琵琶湖疏水（第一、第二）および宇治発電所水路を加えた計4か所である。

昭和初期ごろまで、琵琶湖の周囲には大小40あまり、総面積29平方キロメートル（1940年時点）の内湖があった。これらの内湖は、繁茂するヨシなどにより河川より流入する水を浄化する機能や、魚類の産卵・生育の場、あるいは堆積した泥による肥料の提供といった役割を担ってきた。また内湖は、今津や堅田といった津の発展において船溜まりとしての役割を果たしたほか、安土城や大溝城の立地にも影響を与えた。

しかし、琵琶湖の洪水防御のため1943年から始まった河水統制事業により、事業が終了する1952年までに平均水位が数十センチメートル低下したことや、これに前後して内湖の大半が干拓されたこともあって琵琶湖の自然は大きく変化し、固有の風致や生態系が大きく損なわれた。2013年現在残されているのは、近江八幡市の西の湖をはじめとする総面積4.25平方キロメートルの23内湖のみである。

2003年現在、滋賀県は一部の内湖を復元することを計画しており、生態系の回復や水質浄化が各方面から期待されている。

琵琶湖には沖島・竹生島・多景島の3島がある。沖島は近江八幡市の沖合い1.5キロメートルに位置する周囲6.8キロメートル・面積約1.53平方キロメートルの島で、淡水湖沼の有人島としては日本唯一である。
琵琶湖に浮かぶ湖上の猫島沖島（おきしま）

竹生島は長浜市の沖合6キロメートルに位置する周囲約2キロメートルの島、多景島は彦根市の沖合い5キロメートルに位置する周囲約600メートルの島である。竹生島と多景島には寺院があり、竹生島は西国三十三所や琵琶湖八景に含まれている。また、多景島から西に4キロメートルの地点には沖の白石がある。この他、草津市には、1978年ごろに着工された人工島の矢橋帰帆島がある。